流脑流行期间，根据典型症状和体征不难诊断。对散发的或不典型病例，可采取瘀斑中血液、外周血液或脑脊液送检。带菌者可用末端2cm处弯曲的棉拭，深入口腔，直达悬雍垂后鼻咽腔部，小心旋转采取分泌物送检。
1.直接染色镜检
在瘀斑处采取血液或组织液，经美蓝染色，如找到肾形革兰氏阴性双球菌，可作初步报告。对脑脊液标本，离心取沉淀物制备涂片，用革兰氏染色或美兰染色镜检，在多形核细胞中找到肾形双球菌，结合临床症状即可确诊，也可用免疫荧光法直接查菌体。
2.分离培养
对无菌采取的瘀血斑或脑脊液先行葡萄糖肉汤增菌，或直接接种于巧克力血平板或卵黄双抗琼脂平板上，5～10%CO2环境下，培养18～24小时，观察结果。
3.血清学检查
可用间接血凝试验，ELISA等方法检测流脑抗体，以辅助诊断。
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